1. Op basis van de criteria van bijlage III (fase 1) en van de relevante wetenschappelijke gegevens stelt elke Lid-Staat een lijst van gebieden voor, waarop staat aangegeven welke typen natuurlijke habitats van bijlage I en welke inheemse soorten van bijlage II in die gebieden voorkomen. Voor diersoorten met een zeer groot territorium komen deze gebieden overeen met de plaatsen, binnen het natuurljike verspreidingsgebied van die soorten, die de fysische en biologische elementen vertonen welke voor hun leven en voortplanting essentieel zijn. Voor aquatische soorten met een groot territorium worden deze gebieden alleen voorgesteld indien het mogelijk is een zone duidelijk af te bakenen die de fysische en biologische elementen vertoont welke voor hun leven en voortplanting essentieel zijn. Zo nodig stellen de Lid-Staten aanpassingen van de lijst voor in het licht van de resultaten van het in artikel 11 bedoelde toezicht.
De lijst wordt binnen drie jaar na kennisgeving van de richtlijn aan de Commissie toegezonden met informatie over elk gebied. Deze informatie omvat een kaart, de naam, de ligging en de oppervlakte van het gebied, alsmede de gegevens die zijn verkregen uit toepassing van de in bijlage III (fase 1) vermelde criteria, en wordt verstrekt op basis van een door de Commissie volgens de procedure van artikel 21 opgesteld formulier.

2. Op basis van de in bijlage III (fase 2) vermelde criteria werkt de Commissie met instemming van iedere Lid-Staat voor elk van de vijf in artikel 1, letter c) onder iii), genoemde biogeografische regio's en voor het gehele in artikel 2, lid 1, bedoelde grondgebied aan de hand van de lijsten van de Lid-Staten een ontwerp-lijst van de gebieden van communautair belang uit, waarop staat aangegeven in welke gebieden een of meer prioritaire typen natuurlijke habitats of een of meer prioritaire soorten voorkomen.
De Lid-Staten waar de gebieden met een of meer prioritaire typen natuurlijke habitats en een of meer prioritaire soorten in oppervlakte meer dan 5 % van het nationale grondgebied beslaan, kunnen, met instemming van de Commissie, verzoeken dat de criteria van bijlage III (fase 2) voor de selectie van alle gebieden van communautair belang op hun grondgebied flexibeler worden toegepast.
De lijst van gebieden van communautair belang, waarop de gebieden met een of meer prioritaire typen natuurlijke habitats of een of meer prioritaire soorten staan aangegeven, wordt door de Commissie vastgesteld volgens de procedure van artikel 21.

3. De in lid 2 genoemde lijst wordt binnen zes jaar na de kennisgeving van deze richtlijn vastgesteld.

4. Wanneer een gebied volgens de procedure van lid 2 tot een gebied van communautair belang is verklaard, wijst de betrokken Lid-Staat dat gebied zo spoedig mogelijk, doch uiterlijk binnen zes jaar, aan als speciale beschermingszone en stelt hij tevens de prioriteiten vast gelet op het belang van de gebieden voor het in een gunstige staat van instandhouding behouden of herstellen van een type natuurlijke habitat van bijlage I of van een soort van bijlage II alsmede voor de coherentie van Natura 2000 en gelet op de voor dat gebied bestaande dreiging van achteruitgang en vernietiging.

5. Zodra een gebied op de in lid 2, derde alinea, bedoelde lijst is geplaatst, gelden voor dat gebied de bepalingen van artikel 6, leden 2, 3 en 4.